W 1570 r w Juszkowie wybudowano murowany szachulcowy kościół ewangelicki. Jego pierwszym proboszczem został przed Wielkanocą 1573 roku kaznodzieja Joachim Pensky. Po nim w 1587 roku urząd kaznodziei objął Johannes Benek. Po około 80 latach Rada Miasta Gdańska zdecydowała o budowie nowego Kościoła. Kamień węgielny położono 19 lipca 1647 roku, a budowę rozpoczęto w kwietniu 1648 roku. Nowy ceglany szachulcowy kościół ustawiono w nowym miejscu w górnej części wsi (stary kościół stał w części dolnej). Budowa kościoła została zakończona rok później i 18 kwietnia 1649 świątynia została poświęcona i bogato wyposażona przez mieszkańców Gdańska i okoliczną szlachtę. Posiadała organy, dzwon, a od 1782 roku zakrystię.  Początek XIX wieku i epoka napoleońska przyniosły wsi Juszkowo oraz kościołowi duże straty. Dopiero w 1837 roku wyposażono kościół w nowe, ale małe dzwony. Duży dzwon odlano na nowo dopiero w 1854 roku w Królewcu. Wisiał on na wieży do chwili wybuchu I Wojny Światowej. Po czym został przetopiony na potrzeby pruskiej armii.  Po reformach administracyjnych 1887 roku Juszkowo zostało włączone do powiatu Gdańska Wyżyna i stało się gmina wiejska. Siedziba obwodu i urząd stanu cywilnego mieściły się Pruszczu. Kościół ewangelicki znajdował się na miejscu, natomiast katolicy uczęszczali na mszę święta do kościoła w Świętym Wojciechu, a od 1923 roku w Pruszczu Gdańskim. Ostatecznie kościół został zniszczony w 1945 roku przez wycofujące się wojska niemieckie. Na terenie placu kościelnego została tylko kapliczka cmentarna. Przez wiele lat plac wraz z przykościelnym cmentarzem niszczał nieużywany. Dekretem Arcybiskupa Metropolity Gdańskiego Sławoja Leszka Głódzia z 08 grudnia 2015 roku utworzono w Juszkowie parafię pw. Błogosławionego Jerzego Popiełuszki Prezbitera i Męczennika. Decyzją arcybiskupa proboszczem parafii Juszkowo został ksiądz mgr Krzysztof Hapka.